Il gagne son duel face à Kalac peu après l'heure de jeu (0-2, 67e minute). Le championnat commence mal avec deux défaites inaugurales à domicile face à Manchester City et à Chelsea. Plus large défaite à domicile : 4-0 le 21 novembre 1979 face à la Roma. Arsenal finit à la 6e place en championnat, manquant de nouveau la qualification en Ligue des champions, et s'incline face à Chelsea en finale de la Ligue Europa (1-4). Sur le plan personnel, le Gabonais termine meilleur buteur du club, avec 31 buts et 8 passes décisives en 51 matchs toutes compétitions confondues. Arsenal enchaîne par la suite une série de 10 victoires consécutives, contre des adversaires plus modestes, Aubameyang réussit à marquer huit buts durant cette période, dont deux doublés consécutifs face à Fulham et Leicester. Pris à partie par ses propres supporters, le milieu défensif suisse se laisse aller à un mouvement d’humeur lors de son remplacement face à Crystal Palace. Lors de la saison 2019-20, à la suite du départ de Laurent Koscielny, Unai Emery nomme Granit Xhaka comme nouveau capitaine d'Arsenal ; Aubameyang faisant partie des 4 vices-capitaines.

Le 25 mai, après avoir « exploré chaque option possible », le Bureau exécutif décide de définitivement annuler la saison 2019-2020 de l'Euroligue, et de n'attribuer aucun titre de champion cette saison. Pierre-Emerick Aubameyang signe le 2 février 2022 au FC Barcelone après avoir résilié son contrat avec Arsenal. Arsenal termine à la sixième place en Premier League et dispute la Ligue Europa la saison suivante. La saison de Balotelli se révèle très décevante avec une seule réalisation en 16 rencontres de Premier League. Le gabonais se serait fait voler des bijoux puis violenter avec une barre de fer devant ses enfants. Le Gabonais est installé à la pointe de l'attaque pour la 2e partie de saison et termine finalement avec 16 buts et 6 passes décisives en championnat, et 25 buts et 10 passes toutes compétitions confondues. Le Gabonais forme avec Alexandre Lacazette un duo redoutable. Le match à enjeu le plus important en phase finale entre les deux équipes a eu lieu en 1982, lors du second tour de la Coupe du monde, la rencontre se solde par un match nul mais offre la qualification aux Polonais. Le club londonien retrouve Liverpool dans une finale disputée à Madrid.

Il est le symbole de la renaissance des Verts, qui passent de la onzième à la cinquième place lors de la phase retour, et remportent la Coupe de la Ligue en avril 2013. Aubameyang est auteur de la passe décisive pour le Brésilien Brandao en finale. Au match retour, Aarau gagne 1-0. Le FC Sion conserve ainsi sa place dans l'élite suisse. La formation biancoceleste passe trois saisons en série B. Elle revient dans l'élite en 1983 et ne conserve sa place dans l'élite que lors de la dernière journée. Il inscrit un triplé lors de la 3e journée de Ligue Europa sur la pelouse de Qäbälä et récidive trois jours plus tard à domicile cette fois, avec trois nouveaux buts face à Augsbourg lors de la 10e journée de Bundesliga. Il s'agit de ses trois premiers buts pour Barcelone, soccer jersey store et il contribue ainsi à la victoire de son équipe par quatre buts à un. Aubameyang rentre en jeu en début de seconde période et provoque un but contre son camp de Sakho, avant de doubler la mise et de permettre à son équipe de l'emporter. À Anfield, lors la troisième journée de groupe, les Lyonnais encaissent l'ouverture du score en fin de première mi-temps mais égalisent grâce au premier but de la carrière du futur capitaine lyonnais Maxime Gonalons (milieu défensif de formation mais entré en défense centrale pour remplacer Cris, sorti blessé en fin de première mi-temps), avant de s'imposer dans les prolongations grâce à un but de son ailier argentin César Delgado à la suite d'n débordement de Govou.

À la suite du départ de Robert Lewandowski, le club recrute Ciro Immobile pour le remplacer, mais l'Italien peine à réaliser des performances, avec seulement 3 buts inscrits. Après les passages sans succès de David Moyes et Louis van Gaal - qui a tout de même remporté la coupe nationale, le conseil d’administration a nommé José Mourinho comme nouvel entraîneur du club en espérant retrouver les sommets. José Mourinho étant annoncé, ses premières directives se font entendre rapidement. Il inscrit également deux doublés en Ligue des Champions le 22 octobre 2011 au Santiago Bernabéu face au Dinamo Zagreb et le 7 décembre 2011 face à l'Ajax Amsterdam. Le 10 novembre 2017, il est l'auteur d'un doublé, lors d'une rencontre amicale face à la Colombie (victoire 2-1). L'année suivante, il participe pour la seconde fois à la Coupe du monde. La galerie est supprimée au profit d'une plus grande proéminence des éléments porteurs ; un dessin montre notamment l'insertion de hautes colonnes jumelées libres aux angles de l'octogone, surmontées d'une série de corniches fortement saillantes, une idée qui sera développée plus tard également pour le dôme de la basilique Saint-Pierre au Vatican.